Algorytm diagnostyczny jednego z polimorfizmów (SNP) w genie SFTPB. Obsługa wybranych opcji bazy danych [NCBI]
Polimorfizm pojedynczego nukleotydu (SNP) należy do najczęstszych przyczyn chorób o podłożu genetycznym. W odróżnieniu od mutacji SNP występuje z częstością większą niż 1% w populacji i definiowany jest jako stałe i jednoczesne występowanie dwu lub więcej form o odrębnych genotypach, pomiędzy którymi nie ma form przejściowych. Biorąc pod uwagę charakter zmiany wyróżnia się polimorfizmy zrównoważone (zbalansowane), nietrwałe (przejściowe) oraz neutralne (obojętne). W odniesieniu do chorób w których wykazano istotny związek badanego SNP można mówić o allelu polimorficznym (zmienionym) o charakterze protekcyjnym lub zwiększającym ryzyko zachorowania. Wybrany dla celów poniższego ćwiczenia polimorfizm (znany jako +1580 C>T) ma bezpośredni związek z procesem glikozylacji białka surfaktantu B a co za tym idzie bierze czynny udział w budowie prawidłowo funkcjonującej cząsteczki tej proteiny. W zależności od analizowanej choroby oraz przynależności etnicznej pacjentów grupy badanej allel polimorficzny T może spełniać odmienną rolę.
- W opcji GENE wyszukanie genu SFTPB, Homo sapiens-podanie jego lokalizacji w genomie ludzkim oraz funkcji pełnionych przez kodowane białko.
- Znalezienie polimorfizmu rs1130866, sprawdzenie na czym polega zmiana nukleotydowa i który z alleli jest polimorficzny, określenie czy następuje zmiana w sekwencji aminokwasowej. Odpowiedź na pytanie jaka jest różnica między mutacjami sensownymi i nonsensownymi, a także jakie implikacje może mieć każda z nich na powstające białko –opcja GENE VIEW.
- Sprawdzenie z jaką częstością występują poszczególne genotypy związane z polimorfizmem w populacji kaukaskiej (europejskiej) oraz azjatyckiej, wyznaczenie najbardziej miarodajnych częstości.
- Posługując się pozycją polimorfizmu na nici DNA, zaznaczenie sekwencji eksonu, skopiowanie do MS Word fragmentu sekwencji GENU zawierającej zmianę polimorficzną rs1130866.
- Zaprojektowanie starterów dla reakcji PCR wykrywającej wyżej wymieniony polimorfizm.
- Znalezienie na stronie http://www.neb.com enzymu restrykcyjnego TaaI, sprawdzenie rozpoznawanej przez endonukleazę sekwencji nukleotydowej.
- Naniesienie sekwencji starterów oraz miejsca cięcia enzymatycznego na odpowiedni fragment sekwencji genu. Wyznaczenie wielkości (ilość par zasad) produktów powstających w wyniku cięcia enzymatycznego w poszczególnych genotypach.
Zadanie dodatkowe:
Proszę odnaleźć charakter allelu polimorficznego T w takich chorobach jak RDS (zespół błon szklistych), ARDS (zespół wyczerpania oddechowego osób dorosłych), COPD (chroniczna przewlekła choroba płuc), ILD (choroba śródmiąższowa płuc).